中山大学穗港澳区域发展研究所所长张光南认为，过去粤港澳合作重点是招商引资，以产业和资本结合内地劳动力要素的优势互补为主。随着40多年来合作不断深入，尤其是《粤港澳大湾区发展规划纲要》出台后，粤港澳合作正从过去的要素互补为主，进入创新驱动发展的新阶段。
他说，粤港澳大湾区有着一个国家、两种制度、三个关税区和三种货币的特殊环境，这是其他城市群所不具备的，也因此面临合作方面的挑战。但只要坚守“一国”之本，善用“两制”之利，以更大力度推进改革开放和体制机制创新，破除影响创新要素自由流动的瓶颈和制约，多管齐下、久久为功，就能够真正实现粤港澳合作升级、优势互补。
中国（深圳）综合开发研究院常务副院长郭万达分析说，创新合作是粤港澳大湾区建设的关键内容。在当前国际、国内形势的大背景下，更需要依靠大力创新、紧密合作来应对挑战、破解难题、开创新机。全国政协此时召开“推进粤港澳大湾区创新合作”专题协商会，非常必要及时，传递出积极信号，有利于凝聚信心、智慧与力量推动粤港澳大湾区创新合作提质升级、迈上更高台阶。
中山大学粤港澳发展研究院首席专家陈广汉认为，推进大湾区创新合作，携手打造国际科技创新中心，将加快广东特别是珠三角迈向创新驱动和高质量发展新阶段的步伐，而且有利于为香港和澳门经济注入新动能、开拓新领域、拓展新空间。香港具备很强的整合全球创新元素和科技资源的能力，且近几年高度重视创新，应可在大湾区的创新驱动发展中扮演重要角色。
对于如何推动粤港澳大湾区创新合作，张光南建议，在科技、工程、商业模式、专业服务和公共服务政策等五个维度共同发力。这五个维度的创新，既有政府管理的创新，又有市场方面的创新；既有生产环节的创新，又有市场环节的创新；既有实业方面的创新，又有资本方面的创新。
郭万达认为，要优化粤港澳大湾区创新合作空间布局，促进广深港澳科技创新走廊向珠江东西两岸各市延伸，让创新的外溢空间不断扩展。创新合作需要高端和紧缺人才，应出台配套政策，吸引更多人才投身大湾区建设。同时，需要强化深圳河套—前海、珠海横琴、广州南沙—黄埔等创新特别合作区的枢纽功能，鼓励先行先试，支持共建创新合作综合平台体系。
陈广汉认为，推进粤港澳大湾区创新合作，必须充分发挥大湾区开放程度高、三地科研资源和产业互补性强的优势，携手打造开放型区域协同创新共同体。要着力提升科学研究能力，加强基础性研究和人才培养；推动科研成果转化，提高知识转化的效率；打造科技创新平台，整合大湾区科创资源；完善协同创新机制，促进资源的高效配置。
专家指出，推进粤港澳大湾区创新合作，发挥三地优势打造开放型协同创新高地，有助于进一步丰富“一国两制”实践内涵。
郭万达说，大湾区科创建设为港澳融入国家发展大局提供战略支撑和重要平台。香港国安法颁布实施后，香港迎来由乱变治的重大转机，特区政府应抓住机遇，与粤澳深入合作，努力发展经济、改善民生，以对冲“修例风波”和疫情冲击带来的不利影响。
陈广汉建议，充分发挥香港国际金融中心的优势，推动粤港澳大湾区科技和金融融合发展，建立完善的科技金融服务体系，通过科技保险、天使投资和创投基金等多种方式，为初创期和成长期的科创企业提供多元融资渠道。
张光南表示，港澳在商业模式、专业服务和公共服务政策等方面，各具优势和特色。国家产业转型升级需要港澳尤其是香港发挥助力剂、推动剂的作用，港澳也可以通过加强合作，突破自身发展的一些障碍，实现进一步的优势互补。